和王伦统一了意见后，朱武次日就召集众头领，在鲁智深主动谦让下，让吴用坐上第三把交椅。
然后，在朱武的提议下，阮小二、阮小五、阮小七三人排在栾廷玉之后、扈成之前，同样坐上交椅。
为吴用授予八级军衔、为三阮授予七级军衔，勉励他们为梁山泊立功后，朱武让王伦出面，提出军政分离。
这个提议一出，梁山泊在坐的十几位头领，都是议论纷纷。刚坐上第三把交椅的吴用，率先向众人道：
“军政事务分离，是梁山泊壮大之后，必须要实行的。”
“否则分寨越多，就越是难以控制。”
“分寨的军政事务分离后，由头领分别掌管，梁山泊对分寨的掌控，一定会更强力！”
从梁山泊对分寨的掌控来看，吴用认为在军政分离后，梁山泊对分寨的掌控，会更上一个台阶。对于打算以扩充分寨的形式提高实力的梁山泊来说，可谓极为有利。
甚至，吴用还明白军政分离后，自己作为梁山泊的三头领，一定会负责军政其中之一。这对他在梁山泊立足，同样大有裨益。
故而这件事虽然是王伦提出来，吴用却第一个赞同，让其他议论纷纷的头领，尽皆安静下来。
前三位头领同意，鲁智深、林冲、李应等人也附和，梁山泊其他头领，自然无法反对。
故而，军政分离的事情，被朱武推行下去。
雷厉风行，毫不停歇，朱武首先便成立军务院和政务院，命人在聚义厅旁边，建造两个院子。在院子没有建好前，政务院在聚义厅东边房里办公，军务院在西边房里办公。原本的办公厅事务，大多被移交给政务院和军务院。办公厅主要工作，转向为朱武服务。办公厅主任位置，暂时仍旧由王伦兼任。
然后，朱武又任命王伦为参赞军政头领，扈成为参赞政务头领，一起负责政务院。原办公厅庶务处、财务处、外联处三个部门，大多归政务院管理。
唯有李应仍想在军中任职，带着一部分财务处人员，去军务院组建了后勤处。朱武见财务处副处长朱贵暂时撑不起来，又考虑到王伦想负责钱粮事务，就让他兼领了财务处。外联处仍旧由扈成负责，结交四方豪杰。
相比政务院只有两个参赞头领，军务院这边就多了。除了吴用这个参赞军政头领外，鲁智深、林冲、李应三人，被朱武任命为参赞军务头领，和吴用一起主持军务院。
在朱武的规划下，军务院设立庶务处、参谋处、教导处、后勤处、装备处、训练处六个部门。除了教导处由朱武亲自执掌外，吴用主管庶务处和参谋处，李应主管后勤处，鲁智深主管装备处，林冲主管训练处。四个主要头领，各自负责一摊。
军务院名义上由吴用领导，但吴用在看到教导处由朱武亲自负责后，明智地收起了其它想法，只是把自己当做庶务处和参谋处长，等待戴宗前来，帮助自己立足。
不过即使如此，王伦在看到军务院部门众多、头领人才济济后，先前答应军政分离的他，也不觉有些后悔。只能以自己是参赞军政头领、能插手军务院为由，暗自安慰自己。
一番划分之后，朱武将梁山泊的权力，再次做出调整。然后他就在聚义厅，召开了政务院和军务院联席会议。
看着王伦、吴用、鲁智深、林冲、李应、扈成等属下，朱武第一次感觉到，自己的梁山泊不再是草台班子，而是向政权方向，再次迈出了一大步。
找到了一些开会的感觉，朱武轻咳一声，向王伦道：
“一年之计在于春，今年刚刚开始，咱们就做个规划，看看梁山泊在今年，能完成什么目标。”
“王先生负责政务院，你先说说政务院在今年，有什么目标没有。”
虽然没有准备，不习惯朱武这种方式。王伦在听到朱武询问后，还是将自己正在做的事情，向众人道了出来：
“政务院今年的目标是，完成独龙冈的分地，让合作社制度在独龙冈彻底扎根。”
“同时要建立粮食供销社，实行统购统销政策，将独龙冈的余粮，完全收集过来。”
“收购到的粮食，要达到七万两千石，梁山泊四千人，两年半的所需。”
然后，王伦又拿出自己计算的数据，向朱武道：
“独龙冈如今虽然没有分地，但是合作社的地租，却已经开始调整。”
“如今独龙冈平均租税在两成左右，预计今年能通过租税收到三万六千石。剩余的三万六千石，需要由粮食供销社用钱财买。”
“按照市价来说，每石粮食约一两贯，要准备五万贯左右钱财，用于粮食收购。”
“五万贯！”听到这个数字，众头领议论纷纷。有的觉得花费的钱财太多，不如提高地租。有的则觉得山寨的粮食还不少，不需要收购这么多。
最终，还是朱武一锤定音，向王伦道：
“今年粮食供销社刚开办，能收到两万石粮食，就算达到目标。”
“如果粮价太高，可以酌情减少。”
让王伦以两万石为目标，收购独龙冈的粮食。
王伦闻言大喜，感觉自己的压力小了许多。不过他想起分地和收购粮食时的一个问题，向朱武道：
“独龙冈村民虽然同意分地，但是地怎么分、面积又怎么算，还有许多争议。”
“其中最大的麻烦是，度量衡标准不一。”
“皇帝宠信蔡京，信方士‘声为律、身为度’之说，废弃累黍定尺，以帝指为律度，尺度极为混乱。”
“朝廷在三年前和四年前还分别下诏，令民间毁弃旧式秤，限半年内销毁，不尊令者许人告发，分别治罪，给赏。因此衡制大变，和古时相去甚远。”
“当今天下的度量衡，只能说是混乱！”
连说了几个乱字，王伦在开始尝试施政后，才知道如今的大宋，到底是有多乱。像梁山泊这样控制农村的尝试，几乎要从方方面面都制定新制度。否则按宋朝的做法，仍免不了混乱。
先前没注意到这件事，朱武在听到王伦抱怨后，顿时意识到这件事若是不能处理好，分地、收粮的时候，会带来很大不便。甚至严重一点，还可能因为度量衡的差异，引来村民的不信任和不满。
故而朱武在看到当前的度量衡已经混乱不堪后，决定在尊重当前度量衡习惯的基础上，参考后世的公制和市制，制定新的度量衡标准。将各种混乱的度量衡，重新统一起来：
“统一的度量衡不但有利于农业，更有利于工业。”
“必须要制定一套新的度量衡标准，把度量衡统一起来。”
记下这件事情，朱武已经打算统一度量衡，将自己试验出的工业品，尝试用新标准生产。